这么火热的空间转录组学研究思路，你确定不付钱看一看？

IE的明确会友基因基因组同型。在牵涉到DIE的395个基因基因组里，选取每个基因基因组两个最举足轻重作出贡献的亚同型，鉴定单单了76个颇高可信度新同型基因基因组会友亚同型。在动态上，有40个（52.6％）是解码转录本，有24个（31.6％）看单单为实为特异性的衰变（NMD），有11个（14.5％）看单单为内含子保留，有1个会友同型是一个粗大的非解码基因基因组（Meg3）（所示2f）。这些非解码和NMD转录本定时基因基因组的表示曾受自由空间四区域依赖性转录。

所示 2

横跨大神经四区域的DIE基因基因组表示主要曾受一种特定的肝细胞同型式支配

由于抑制性神经细胞密切关系在转录上比颇高频率神经细胞极为为相近，因此作者将所有抑制性神经细胞亚同型（IN1，IN2，IN3）合并为交叉抑制性神经细胞（IN）都可，而颇高频率神经细胞亚同型则分仍分第三组为颇高频率神经细胞（EN）都可。本科学研究提单单了三个AS模同型，它们确实是大神经四区域密切关系基因基因组各不相同性表示的系统化：1）在多种或所有肝细胞同型式里都普遍存在的后期制作基底（“ Both-Cell-Types-Model”）；2）均在单个肝细胞同型式里推移的后期制作基底（‘Single-Cell- Type-Model’）；和3）均在表示层面或肝细胞同型式丰度层面牵涉到推移，而后期制作基底本身并未推移（‘No-Cell-Type-Model’）（所示3a）。

所示 3

神经四区微环境的影响抹去了一些基因基因组的肝细胞同型式依赖性

尽管普遍存在单肝细胞同型式模同型，但是双肝细胞同型式模同型仍然很普遍。为不必要循环推理，作者认为所有基因基因组在两个大神经四区域的神经细胞和非神经细胞里都能合理表示。同时牵涉到在神经细胞和非神经细胞的自由空间四区域性DIE各不相同（ΔΠ≥0.1）的牵涉到率比偶然预期的要颇高。这种态势在颇高频率和抑制性神经细胞（p≤2.2e-16）以及中枢消化系统绒毛状肝细胞和肾脏+肝肝细胞里也被发掘单单（所示3e）。因此，神经四区微环境确实会所致HIPP里 EN和IN第三组密切关系拼接的相近性各不相同于PFC 里EN和IN密切关系的关系。其次，考虑到神经细胞和中枢消化系统绒毛状都是从放射状中枢消化系统绒毛状干肝细胞分化而来，神经四区域依赖性恒定确实抹去了肝细胞同型式的依赖性。

特定神经四区域内的肝细胞同型式具备独有的剪接特征

这部分实验作者了单个肝细胞同型式对DIE的作出贡献。同时，还阐明了所科学研究神经四区的DIE特征，很多人必要性反思每种肝细胞同型式的后期制作指纹（补足所示S7）。

脉络丛上皮肝细胞（CPE）主要通过游离后期制作转录在在肽链（transcriptional starting site, TSS）产生独有的亚同型

接下来，作者在HIPP肝细胞同型式的成对极为里顺利进行了DIE检测。在HIPP里，神经细胞与非神经细胞极为里发掘单单的DIE多达（所示4a），PFC里也已得单单结论了这一点（所示S8）。古怪的是，非神经细胞肝细胞同型式密切关系的极为看单单单单比在神经细胞内观察到的极为好的DIE（所示4b）。举足轻重的是，限于CPE的非神经细胞在极为里具备最颇高者的DIE分数。CPEs负责管理在神经室里腺体神经膜上皮肝细胞的神经脊髓尿液，多种CPEs里的游离后期制作基因基因组与癌症有关（所示4c）。令人惊讶的是，TSS的后期制作（与线粒基底和polyA 肽链相比）在很大程度上解释了CPE肝细胞的会友同型恒定（所示4d）。此外，与非CPE基因基因组转录本（70/93基因基因组，Bernoulli p = 3×10-7）相比，与CPE具基底的转录本并不一定正处于TSS的上游，以便借助于CPE特异的转录后修饰、中文翻译在在和基因基因组表示的转录生物基底转录（所示4e）。

所示 4

基于单肝细胞各不相同肝细胞同型式的DIE

当在两种肝细胞同型式密切关系观察到DIE时，两个相互竞争的假定可以解释这种成因。每种肝细胞同型式里所有肝细胞都能之外一地看单单两种肝细胞同型式密切关系会友同型表示的各不相同，或者一种或两种肝细胞同型式的单个肝细胞在会友同型表示里牵涉到变异。如，对于Nnat，室管膜肝细胞和颇高频率神经细胞密切关系的DIE普遍存在于绝大多数的单个肝细胞。但是，颇高频率神经细胞和薄膜中枢消化系统基底肝细胞密切关系的DIE原因则各不相同：某些薄膜中枢消化系统基底肝细胞的肝细胞行为类似于颇高频率神经细胞，而另一些则展示单单为非神经细胞，这确实是由于薄膜中枢消化系统基底肝细胞的亚为数众多各不相同（所示4f）。

曾受精反复里基因基因组亚同型的各不相同表示看单单了动态的动态推移

在天鹅肝细胞上运用Slingshot电子技术，科学研究将放射状中枢消化系统绒毛状的集肝细胞（RGL）转分化回了颇高频率神经细胞。举足轻重的是，在天鹅的CA1和CA3里，从齿状回（DG）薄膜肝细胞过渡到极为成熟的颇高频率神经细胞的反复里，许多线粒基底的断开低水平牵涉到了推移（所示 5）。

所示 5

天鹅里曾受精时颇高表示基因基因组成基底肝细胞脂质13（Fgf13）看单单神经细胞亚同型依赖性TSS

Fgf13在多个神经细胞肝细胞同型式和亚同型里展示单单单单更颇高的DIE（ΔΠ> 0.5）。Fgf13在激素单单生于后表示达到峰差值，特别是在HIPP里。Fgf13是成基底肝细胞脂质（FGF）还原酶的成员，该家族不具备频谱基因组，不会被腺体到胞外并且均在肝细胞内起功用。它在肝细胞内的功用是恒定电压门控钠闸口，rRNA转录和微管稳定。在各种Fgf13亚同型里，两种具备各不相同TSS的亚同型在大神经曾受精反复里%主导地位。科学研究发掘单单Fgf13的游离后期制作多牵涉到在颇高频率神经细胞和抑制性神经细胞（所示5f）。中下游TSS亚同型 Fgf13-S是所有颇高频率同型式和未成熟抑制同型的主要HIPP亚同型。相反，上游TSS亚同型Fgf13-VY在DG中枢消化系统基底肝细胞里部分可不知，在抑制性里间神经细胞类里%主导地位。

与绒毛泡运输具基底的神经细胞基因基因组在曾受精的天鹅神经细胞里看单单单单各不相同性后期制作

许多神经细胞基因基因组在曾受精里的HIPP里低表示。但是，合理表示（> 50个读数）的基因基因组亚同型可以四区分各不相同神经细胞同型式。加入胞吞功用的Snap25的两个亚同型（Snap25-a，Snap25-b）是由于他们具备两个多线程表示的线粒基底。与文献一致，科学研究发掘单单Snap25-b在CA3颇高频率神经细胞（EN3）的转录本比例少于其在CA1和下丘神经（EN1，EN2）的表示。但是，科学研究发掘单单在薄膜状颇高频率神经细胞里具备极为好的Snap25-a丰度，而成熟的颇高频率神经细胞则转变为Snap25-b。古怪的是，里间神经细胞前基底和Cajal–Retzius肝细胞（IN1，IN3）里的Snap25-b比颇高频率神经细胞表示极为多，定时这两类肝细胞需要极为大的绒毛泡池（所示S11b）。或者，在颇高频率神经细胞曾受精之后，里间神经细胞可以从Snap25-a叠加到Snap25-b。

滑动亚同型化学合成（sliso-Seq）说明了后期制作推移的自由空间有别于

为了从自由空间意义上审视本科学研究的观察结果，实验极为了单单生于后第8天激素的矢状凸10X Genomics Visium自由空间转录第三组学原始数据与单肝细胞短读粗大HIPP四区的原始数据，得单单结论了颇高频率神经细胞在CA四区和下丘神经的自由空间有别于（所示6a），与PFC原始数据的对照得单单结论了颇高频率前基底普遍存在于各不相同的皮质层里（所示6b）。为了应用于正交电子技术验证基因基因组亚同型表示的四区域依赖性，科学研究应用于粗大基因组化学合成将交叉HIPP和交叉PFC单肝细胞原始数据密切关系的ΔΨ差值与天鹅四区与神经元的ΔΨ差值具基底联。基于单肝细胞原始数据，信息化科学研究了具备特定四区域后期制作种系统且未其他曾受基底/供基底的40个线粒基底。总基底而言，科学研究发掘单单85％的单肝细胞和自由空间HIPP/PFC的拼接各不相同之外指向同一方向（伯努利标准差<= 3.5e-06）（所示6c）。此外，我们得单单结论了Pkm和Clta里的中枢消化系统曾受精线粒基底包含断开开关，其里单肝细胞原始数据的非中枢消化系统线粒基底和曾受精具基底线粒基底在DG和自由空间原始数据的脉络丛里富集（所示6d）。

所示 6

阐明

总而言之，运用自由空间转录第三组学的长处，这些结果提供了横跨大神经四区域肝细胞同型式的基因基因组全粗大亚同型的详细分布，使我们极为近解读大神经的全面性游离后期制作基因基因组所示谱。

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